La Sección de Biocarburantes de APPA está compuesta por una treintena de empresas productoras de biocarburantes procedentes de toda la geografía española.

El trabajo de la Sección va encaminado a la defensa de los intereses del sector de los biocarburantes en España, siendo algunas de sus principales labores evitar la competencia desleal del biodiésel importado con doble subvención y asegurar el cumplimiento de la Orden ITC/2877/2008.